Вагонное депо пермь-2 переименовано на основании приказов №62 начальника Свердловсской железной дороги от 17.04.1987 года и №123 начальника Пермского отделения от 25.05.1987г. "О создании и ликвидации предприятий на Свердловской железной дороге", а так же в соответствии с решением Коллегии МПС от 22-28 декабря 1995 года №36, на основании указания МПС от 17 апреля 1996 года , приказа начальника Свердловской железной дороги от 14.05.1996 года №45/Н приказа начальника Пермского отделения Свердловской железной дороги от 14.06.1996г. В соответствии с пунктом 2 ст.7 ФЗ "О федеральном железнодорожном транспорте" пассажирское вагонное депо Пермь-2 реорганизовано путем присоединения к Пермскому отделению дороги без права юридического лица по состоянию на 1 июля 1996 года.
С 1.07.2000г. Пассажирское вагонное депо ст.Пермь-2 переименовано в Дирекцию по обслуживанию пассажиров Пермского отделения Свердловской железной дороги.
С 01.08.2000г. Дирекция по обслуживаю пассажиров Пермского отделения Свердловская железная дорога реорганизована в Обособленное подразделение Пермская дирекция по обслуживанию пассажиров Государственного унитарного предприятия "ДОП в дальнем слеедовании Свердловской железной дороги МПС России". В 2001 году обособленное подразделение Пермская дирекция по обслуживанию пассажиров Государственного унитарного предприятия "ДОП в дальнем следовании Свердловской железной дороги МПС РФ" реорганизовано в Пермскую дирекцию по обслуживанию пассажиров структурную единицу ДОП в дальнем следовании Свердловской ж.д.-филиала ФГУП Свердловская железная дорога МПС РФ.
В соответствии с приказом Президента ОАО "РЖД" №15 от 28.09.2003г. Пермская дирекция по обслуживанию пассажиров является структурным подразделением Дирекции по обслуживанию пассажиров в дальнем следовании Свердловской железной дороги-филиала открытого акционерного общества "Российские железные дороги". С 01.01.2008 года Пермская дирекция по обслуживанию пассажиров переименована в Пассажирское вагонное депо Пермь структурное подразделение Свердловской региональной дирекции по обслуживанию пассажиров Федеральной пассажирской дирекции - филиала открытого акционерного общества "Российские железные дороги". С 01.04.2010г. "Федеральная пассажирская дирекция-филиал ОАО "РЖД" прекратила свою хозяйственную деятельность.
С 01.04.2010г. Пассажирское вагонное депо Пермь является структурным подразделением Уральского филиала ОАО "Федеральная пассажирская компания".
С 18.11.2014 г. наименование Открытое акционерное общество "Федеральная пассажирская компания" (ОАО "ФПК") изменено на Акционерное общество "Федеральная пассажирская компания" (АО "ФПК")
