8 июня 1890 г. епархиальный миссионер отец Стефан Луканин впервые посетил Белую Гору, одно из красивейших мест Урала, и высказал мысль, водрузить на горе крест, «как знамение и залог обращения в православие темной массы старообрядческого населения». Уже через год, 16 июня 1891 г. на Белую Гору прибыл крестный ход и был освящен крест в память чудесного спасения жизни наследника цесаревича Великого князя Николая Александровича в Японии.
Вскоре на горе был сооружен и первый деревянный Никольский храм (сгорел в 1897 г.). 12 июня 1894 г. освящено место и произведена закладка Иверского храма и во имя Всех Святых нижнего зимнего храма в память о помолвке наследника цесаревича Великого князя Николая Александровича.
24 июня 1902 г. произведена закладка каменного соборного храма в честь Воздвижения Живовотворящего креста Господня (Крестовоздвиженского собора) (по проекту инженера Емельян Иванович Артемова).
В пяти верстах от Белой Горы был основан Серафимо-Алексеевский скит. Первым строителем и начальником скита стал игумен Серафим (Кузнецов). Сначала была одна небольшая келья, в которой жил черноризец Лаврентий, потом построили двухэтажный деревянный корпус для трапезы, кухни и помещения братии. Скит отличался особенно строгим уставом.
24 июня 1904 г. епископом Пермским и Соликамским была произведена закладка первого скитского храма. 22 июня 1905 года храм был освящен в честь преподобного Серафима (Серафимовский храм). 30 июня 1905 г. совершена закладка Пещерного храма, а 2 сентября 1905 г. храм был освящен во имя преподобного Антония и Феодосия, и Всех Печорских чудотворцев.
В 1909 г. братии в Белогорском Свято-Николаевском монастыре насчитывалось около 400 человек. Настоятелем монастыря тогда был архимандрит Варлаам (Коноплев). Белогорский Свято-Николаевский монастырь отличался строгим аскетическим уставом, отказом себе в самом необходимом, кропотливым изнурительным трудом иноков.
С приходом к власти в крае большевиков на обитателей монастыря выпало немало страданий. Многие из монахов, послушников были расстреляны.
Так, 25 августа 1918 г. большевики замучили и бросили в реку архимандрита Варлаама. Иеродиакон Виссарион (Окулов) (из крестьян Оханского уезда, пострижен в монашество в 1916 г.) был арестован большевиками и отправлен на принудительные работы в Пермь, за отказ выполнять работы живым брошен в Каму 19 октября 1918 г. Иеромонах Илья (Попов) (из крестьян Юго-Камского завода, в 1913 г. пострижен в монашество, с 1913 г. делопроизводитель монастыря) увезен большевиками в г.Осу и там замучен в октябре 1918 г. Всего в период с августа 1918 г. по январь 1919 г. расстреляли и замучили больше 30 монахов Белогорского монастыря.
В Крестовоздвиженском соборе уже в 1920-е годы был устроен клуб. 22 февраля 1923 года постановлением президиума Осинского уездного исполнительного комитета монастырь был окончательно закрыт, под предлогом того, что в нем собираются контрреволюционные элементы. Здания монастыря использовали как лагерь для репрессированных и спецпоселенцев (с 1930 г.), дом инвалидов (с 1931 г.), реабилитационный центр для раненых и инвалидов Великой Отечественной войны (1941-1945 гг.). С 1946 г. по 1986 г. на Белой Горе находился дом инвалидов Великой Отечественной войны, труда и детства. В 1980 г. в Крестовоздвиженском соборе вспыхнул пожар, который сильно повредил храм, в частности сгорели почтив все его купола.
В начале 1990-х гг. началось возрождение обители. В 1991 г. Священный Синод благословил вторичное открытие Белогорского монастыря. Большую роль в деле возрождения Белогорья сыграл игумен Варлаам II со своими немногочисленными в первое время подвижниками. Началась реставрация Крестовоздвиженского собора и других зданий монастыря.
В мае 1996 г. монастырь посетил Алексий II, святейший патриарх Московский и Всея Руси. Это событие стало зримым символом возрождения Белогорья, признания высокой значимости монастыря для православного мира.
В настоящее время монастырь является не только культурно-историческим центром, но и духовной святыней Пермской земли. И сегодня основная цель насельников Белой Горы – сделать так, чтобы монастырь стал училищем подлинного благочестия и святости.